益生菌有益腸胃健康。台北縣中醫師公會理事翁瑞文醫師表示，西醫認為，喝益生菌可改善腸道菌叢生態，把壞菌加以排除，對腸黏膜菌群紊亂的人有效，正常人也有同樣的效果，然而，從中醫的角度來看，「脾胃虛弱」的人容易造成體內腸黏膜脆弱，以致於好菌無法生存，但益生菌不是萬靈丹，有病還是要找醫生。

翁醫師指出，西醫認為，過敏症狀跟腸胃不良有關，而少數益生菌經證實確有改善的效果，這跟傳統中醫所說的「脾胃虛弱」會造成過敏反應是一樣的道理，若是腸胃不好，中醫的平胃散、四君子湯、香砂六君子湯、補中益氣湯、八珍湯等處方，也有助於改善腸胃道的菌叢生態。

有些人胃部幽門桿菌過多，出現胃潰瘍、胃食道逆流等胃病，以為喝優酪乳可以補充益生菌，讓腸胃道好菌增多，抑制壞菌，沒想到反讓胃病症狀加重。台北中山醫院腸胃科主治醫師吳德強提醒，臨床上常看到胃病患者以優酪乳補充益生菌，卻引起胃病惡化。優酪乳雖然含有益生菌，不過優酪乳中的乳酸卻會讓胃病患者胃酸分泌增多，胃黏膜受創更嚴重，患者會更加不舒服。